Bảo tàng tỉnh Phú Khánh (nay là Bảo tàng tỉnh Khánh Hòa) được thành lập theo Quyết định số 1329/UB-TC, ngày 13/6/1979 của Chủ tịch UBND tỉnh Phú Khánh (cũ).
Bảo tàng đã sưu tập được nhiều hiện vật tiêu biểu như sưu tập rìu đá, đồ trang sức bằng đá thuộc văn hóa Xóm Cồn (cách ngày nay khoảng 3.500 năm); trống đồng Nha Trang (niên đại cách đây 2.000 năm); điêu khắc đá Chăm pa (thế kỷ 9 đến thế kỷ 14); tiền cổ (từ thế kỷ 9 đến thế kỷ 18); đồ gốm thương mại (từ thế kỷ 9 đến thế kỷ 18); sưu tập vũ khí trong thời kỳ chống thực dân Pháp và đế quốc Mỹ...
Hệ thống trưng bày đang giới thiệu các chuyên đề: các văn hóa cổ ở Khánh Hòa; truyền thống đấu tranh cách mạng của Đảng bộ và nhân dân Khánh Hòa, giai đoạn 1930-2002;  thân thế và sự nghiệp cách mạng của Chủ tịch Hồ Chí Minh (1890-1969); chuyên đề các Bà mẹ Việt Nam anh hùng tỉnh Khánh Hòa.
Mỗi năm Bảo tàng tỉnh Khánh Hòa đón tiếp hơn 20.000 lượt khách tham quan trong nước và quốc tế, đồng thời đã xuất bản nhiều công trình nghiên cứu có giá trị như bộ sách nghiên cứu nhiều tập: Khánh Hòa, diện mạo văn hóa một vùng đất, Văn hóa Xóm Cồn... được giới khoa học trong nước đánh giá cao.